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博奥晶典_10x Genomics平台介绍

发布时间:2018/06/05 点击量:

  10X Genomics公司的linked reads技术本质上是将barcode序列引入长序列片段,通过将长片段分配到不同的油滴微粒中,利用GemCode平台对长片段序列进行扩增引入barcode序列以及测序接头引物,然后将序列打断成适合测序大小的片段进行测序。
 

10x Genomics

  一、10X Genomics技术优势

  (1 )微量样本:仅需1ng 基因组DNA 即可进行长片段建库;

  (2) 精确分区:由于拥有众多的barcode和Partions,可对DNA进行精确分区(表1);

  (3) 10X Genomics长片段信息:该技术可与Illumina测序仪进行无缝对接,10x Genomics利用短Reads可获得长达100Kb的片段;

  (4) 基因组组装质量提升:利用长片段信息结合Illumina组装数据组装的ScaffoldN50长度比单纯用Illumina方法提高十几倍。

  二、10X Genomics技术流程

  1.将样本分配到100,000s到1000,000s微反应体系,10X Genomics每个微反应体系含有一种特定的DNA序列标记。

  2.含有barcode信息的凝胶珠子首先与样品和酶的混合物混合,然后与位于微流体“双十字”连接中的油表面活性剂溶液结合。

  3.GEMs (包含样品、酶、凝胶珠子的混合物油滴)流到储液器中并进行收集。10X Genomics凝胶珠子溶解释放barcode序列,开始对样本进行标记。将每个液滴中含有barcode信息的产物混合。然后构建标准测序文库。
 

10x Genomics

  三、10X Genomics应用方向

  超高通量:单个样本细胞检测数最高可达1000-10000;

  项目周期短:一天内即完成从细胞悬液到cDNA文库构建所有的测序准备工作;

  细胞捕获效率高:10X Genomics单个细胞捕获效率高达65%,可准确鉴别稀有细胞类型;

  真正的单细胞测序:通过油滴-barcode-单细胞的对应关系,实现真正意义上的单细胞测序;

  测序平台兼容度广:与Illumina各种型号的平台高度兼容。

  四、10X Genomics应用优势

  通过该技术构建的文库可与Illumina测序系统完美匹配,将短Reads组装成长达100Kb的片段;

  结合该技术后组装效果较单独使用Illumina数据最高可提升十几倍;

  精度高、成本低,操作难度小。

  五、10X Genomics次要还涉及了以下问题

  1. 单细胞RNA测序 (single cell RNA sequencing,10X Genomics以下简称scRNA-seq)数据质控和归一化(Normalization),其实主要是归一化。

  2. 单细胞测序应该测多少深度合适,即测几个G的数据量。

  3. 批次效应(batch effect)的问题。

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