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专业10x genomics genomics 转录组学研究平台10x -博奥

发布时间:2018/06/04 点击量:

  10X Genomics GemCode™技术平台全新升级,推出了最新的Chromium™系统。利用上千万独特的DNA序列标记的GEMs,Chromium系统可揭示重要的基因组信息。
 

10X Genomics

  一、应用方向

  1、基因组测序:可提供超长片段的全基因组信息,进行突变检出、单倍体分型和基因组结构鉴定。10X Genomics能够揭示遗传性疾病关键的变异,并发现与癌症相关的关键改变。

  2、靶向测序:可提供长片段基因信息进行单倍体分型、结构变异检测和拷贝数测定。10X Genomics可得到短读长测序无法获得的基因组复杂区域和重复区域信息。

  3、单细胞测序:利用Chromium Single Cell 3, ,在细胞水平进行高通量数字化基因表达谱分析,10X Genomics可对复杂细胞群进行深入分析。追踪单个细胞的表达谱,避免单个细胞的生物学相关信号被大量细胞的平均化测定掩盖。

  4、从头组装:利用Supernova™ Assembler系统可发现真实的基因组信息,并且成本低,质量高。不需要任何类型的参考序列,即可揭示样本特异性序列,研究二倍体基因组结构。
 

10X Genomics

  二、10X Genomics 全息基因解码系统

  Long Ranger ™分析流程:利用DNA序列标记(barcode)生成的特殊数据类型称为Linked-Reads。Long Ranger ™分析流程中基于Linked-Reads的新算法分析内容包括:

  1、barcode的识别校准

  2、Mbp水平的单倍体分型

  3、结构突变检测和单倍体分型

  4、10X Genomics更准确的SNP和InDel检测
 

10X Genomics

  三、单细胞转录组学

  Cell Ranger™ 分析流程:成套分析单细胞基因表达测序数据。10X Genomics结合转录组比对数据和标示细胞的barcode信息,Cell Ranger 分析流程快速产生的表达数据能够阐明:

  1、复杂原代细胞群

  2、10X Genomics癌症肿瘤的细胞异质性

  3、细胞周期

  4、最连续的人类基因组组装

       四、
10X Genomics linked reads辅助基因组

  1、使用AK1组装来缩小人类基因组参考GRCh38中剩余的缺口

  2、10X GenomicsAK1中SV分布和亚洲特异性突变

  3、单倍型定相组装

  五、技术优势

  1、微量样本:仅需1ng 基因组DNA 即可进行长片段建库;

  2、精确分区:由于拥有众多的barcode和Partions,10X Genomics可对DNA进行精确分区(表1);

  3、长片段信息:该技术可与Illumina测序仪进行无缝对接,利用短Reads可获得长达100Kb的片段;

  4、基因组组装质量提升:10X Genomics利用长片段信息结合Illumina组装数据组装的ScaffoldN50长度比单纯用Illumina方法提高十几倍。




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