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10X Genomics

发布时间:2018/06/01 点击量:

  基于10XGenomics平台建库的全基因组重测序,依托其超长Linked-Reads的优势,可以精确获得基因组结构变异信息,包括InDel、SV、CNV和Fusion Gene,通过10X Genomics平台独特的Phasing功能,轻松获得样本的单体型信息,更精准的解读人类基因组的遗传信息,助力疾病研究。
 

10X Genomics

  一、10X Genomics技术优势

  1、样本通量高:现阶段支持8样本的芯片,每个样本最终细胞获得量在1000-8000个,10X Genomics同时可获得上万个细胞的分析结果;

  2、项目周期短:一天内可实现对细胞悬液的单细胞捕获,扩增和建库;

  3、单细胞质量可控:通过Barcode和UMI的信息可以去除含多细胞的无效数据,10X Genomics加上GEM对多细胞的捕获率在0.6%/1000cells,实现高效的单细胞测序分析。

  4、成本大大降低:相较于老牌的C1(Fluidigm),待推出BioRad Single Cell Solution或手工挑选扩增方法,10X对细胞大小要求更少,单个细胞建库的价格更低。
 

10X Genomics

  二、一种新技术的出现,往往会伴随着争议。10X Genomics到底有没有它宣传的那么好,我们结合技术原理和文章来仔细分析一下。

  1、长片段的产生

  2、GC异常区域的检测

  3、结构变异检测

  三、方案参数

  1、文库构建:10X Genomics平台建库系统

  2、测序策略:Illumina Hiseq PE150

  3、10X Genomics测序方案:肿瘤:癌组织≥50X; 癌旁组织/血液样品≥30X; 家系样本:30-50X/样本

  四、测序可以在全基因组范围内进行染色体定相(phasing)和结构变异的研究

       1、该技术是发现遗传疾病中的重要变异和癌症基因组中关键变化的突破性手段。

  2、系统只需要1ng基因组DNA,就可获得10MB以上的单倍型块(haplotype blocks),10X Genomics实现对定相突变(phasing mutation)和结构变异的分析。

  3、系统同时提供基于强大算法的分析软

       4、
10X Genomics可以对插入缺失,拷贝数变化,染色体倒位、易位和重复等多种类型的结构变异进行分析并呈现可视化结果。

  五、Chromium System

  1、专利的 GemCode 技术能在一次实验中标记大于 100万个独特的分子片段标记。

  2、微流体高通量系统,10X Genomics每次晶片可同时进行 8 个样品的数万种分子标记反应流程。

  3、不占空间的高精密微型化仪器设备,让您轻嵌入您既有的次世代定序设备之中。

  4、提供 Genome、Exome 及 Single cell 三种不同的试剂组应用。

  5、10X Genomics提供 Chromium Software 分析软体。


        六、文献提供

  1. Pendleton M, Sebra R, Pang A W, et al. Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies.[J]. Nature Methods, 2015, 12(8).

  2. Zheng G X, Lau B T, Schnall-Levin M, et al. Haplotyping germline and cancer genomes with high-throughput linked-read sequencing.[J]. Nature Biotechnology, 2016.

  3. Chaisson M J P, Wilson R K, Eichler E E. Genetic variation and the de novo assembly of human genomes[J]. Nature Reviews Genetics, 2015, 16(11):627-40.

  4. Mostovoy Y, Levy-Sakin M, Lam J, et al. A hybrid approach for de novo human genome sequence assembly and phasing.[J]. Nature Methods, 2016.




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